凈化工程與普通建筑工程相同，施工過程中也面臨著一些重難點。若施工單位不能很好地解決凈化工程施工過程中的重難點，那么施工風險不僅會增加，工程質量也會受到影響。結合實踐經驗來看，凈化工程改造施工重難點主要集中在以下幾個方面。

一、配線施工

凈化工程穿管布線需要的電焊焊接工作，應備好消防滅火器材、石棉橡膠板等；嚴苛按穿管布線的相關施工施工驗收規范開展。若當場相鄰處不允許應用打壓試驗時，可選用標準氣壓實驗，但應按照規定采取有效安全防范措施。

二、風管施工

嚴苛按相關要求開展當場施工，并應依據改造當場具體情況制訂施工及安全性要求；妥當查驗、儲存搬進當場的待裝鳳管，維持管內外的清理，兩邊運用塑料膜密封。

三、改造運行

改造凈化工程的竣工驗收最先應按相關規范、標準對各一部分開展查驗、工程驗收；一定要與原來工程建筑、系統相關位置的查驗、工程驗收，有的僅查驗、竣工驗收還不可以證實能合乎改造的總體目標規定，還應根據試運轉才可以足以認證，既要做好工程驗收，也規定施工企業、同小區業主等相互做好試運轉。